Ensamblaje y anotación de genomas bacterianos.

Ensamblaje y anotación de genomas bacterianos.

Descripción breve: En este curso se realizará una introducción al procesamiento de datos de secienciación de genomas bacterianos, desde el control de calidad de las secuencias obtenidas hasta la anotación y exploración de los resultados. 

El curso tratará los siguientes puntos:

1. Control de calidad y procesamiento de datos genómicos (Programas: PrinSeq, PEAR)
2. Ensamblaje de genomas con múltiples parámetros (SPAdes, A5 pipeline, QUAST)
3. Anotación automática de genes ab initio y por homología (Prokka, EggNOG-Mapper)
4. Exploración de resultados en exploradores de genomas (Artemis Comparison Tool, Geneious Basic)

Tutor: Dr. Eduardo Castro. 

Doctor en Ciencias Biológicas de The George Washimgton University. Profesor investigador en la Universidad Andres Bello. Su tema de interés es el estudio de diversidad y patrones genéticos en el tiempo y el espacio en un contexto evolutivo.

Área: Genética, genómica.

Nivel: Usuario Medio/Pregrado/Posgrado

Fecha: Sábado 27 de Agosto

Requerimientos: Conocimientos fundados de genética y computación.

Lugar:  Sala zócalo 2 (o ZO5) (, piso -1, . Edificio 210, Facultad de Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Católica deChile. Portugal 49

Horario: 9:00 – 18:00

Cupos: 15

Si lo desean, los alumnos pueden llevar sus propios computadores.

Alineamientos estructurales de proteínas

lineamientos estructurales de proteínas

Descripción breve: En este curso se realizará una introducción a la comparación estructural de proteínas como herramienta para el estudio de la relación secuencia/estructura/función en proteínas así como la evolución de éstas. Para ello, se revisarán conceptos:

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  1. Aspectos básicos de la comparación estructural a nivel computacional y software de alineamiento estructural.

  2. Estandarización de alineamientos estructurales.

  3. Bases de datos de comparación y clasificación de estructuras de proteínas

  4. Construcción de alineamientos de múltiples estructuras y sus aplicaciones.

Finalmente se realizará un trabajo práctico guiado para la puesta en práctica de los conceptos revisados durante el curso.

Tutor: Dr. Alex Slater

Alex Slater es Licenciado en Ciencias Biológicas y Doctor en Genética Molecular y Microbiología de la Pontificia Universidad Católica de Chile. Realizó su post-doctorado con el Dr. Rodrigo Gutierrez en la PUC. Actualmente es investigador del Centro de Genómica y Bioinformática de la Universidad Mayor.

Área: Biología Computacional, Evolución, Estructura de proteínas

Nivel: Usuario Básico/Pregrado/Postgrado

Fecha: Sábado 12 de Diciembre

Requerimientos: Conocimientos básicos de bioquímica, bioinformática a nivel usuario en sistema Linux, conocimientos basicos de base de datos PDB.

Lugar: Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción. Ciudad Universitaria. Horario: 9:00 – 17:00

Cupos: 15

Descripción extendida:

Tal como lo demostrara Chothia y Lesk en 1986, la estructura de las proteínas es más conservada que su secuencia. Desde ese momento la comparación estructural de proteínas se ha convertido en una herramienta importante en la comprensión de la relación secuencia/estructura/función en proteínas, así como en comprender relaciones evolutivas profundas en proteínas. En este curso se realizará una introducción a los alineamientos estructurales desde un punto de vista teórico y práctico. En esta introducción se cubrirán conceptos fundamentales para la comprensión e interpretación de alineamientos estructurales, considerando sus alcances y limitaciones. También se referirá a aspectos importantes en la comparación y estandarización de resultados producidos por algoritmos de

Next generation sequencing helps to improve diagnosis and treatment of cancer patients

El Centro de Investigación y Tratamiento del Cáncer y el Programa Disciplinario de Genética Humana del ICBM tienen el agrado de invitarlos al seminario:

Next generation sequencing helps to improve diagnosis and treatment of cancer patients


Olivier Harismendy, M.S., Ph.D.
Assistant Professor
Department of Pediatrics
Moores Cancer Center
University of California, San Diego

Hosts: Dr. Katherine Marcelain and Dr. Ricardo Verdugo

M.S. in Process Engineering from ENSTA-ParisTech (France) and a joint M.S. in Microbiology from the Pasteur Institute and Paris 7 University. He obtained his PhD in Microbiology from the same university. He then joined Dr. Edelman’s Department of Neurobiology at The Scripps Research Institute (La Jolla, CA), where he developed ChIP-Seq approaches to study Neuron Restrictive Silencing Factor DNA binding in mouse developing brains. Under the mentorship of Dr Kelly Frazer, Dr. Harismendy went on to develop applications of high throughput sequencing for translational research: evaluating methods for targeted sequencing, exploring the role of regulatory variants in common diseases, and detecting and studying the role of somatic mutations in cancer. Since 2009 he leads the Oncogenomics laboratory at the Moores Cancer Center. His current research focuses on the development of assays and computational approaches to study tumor heterogeneity predict drug response and understand the contribution of gene regulatory elements in cancer etiology and progression. Strong of his experience in the molecular analysis of clinical samples and the interpretation of the data for cancer care, Dr Harismendy participates in the molecular tumor board and the protocol monitoring and review committee to review and advise on the design and execution of molecularly guided clinical trials.

Lunes 23 de Noviembre, 13:00-14:00
Serviremos pizzas a las 12:50
Sala Seminarios Danko Brncic, Bloque C
Programa de Genética Humana
Instituto de Ciencias Biomédica

Facultad de Medicina, Universidad de Chile

INTRODUCCIÓN AL ESTUDIO DE MACROMOLÉCULAS BIOLÓGICAS MEDIANTE SIMULACIONES DE DINÁMICA MOLECULAR “ALL ATOM”

INTRODUCCIÓN AL ESTUDIO DE MACROMOLÉCULAS BIOLÓGICAS MEDIANTE SIMULACIONES DE DINÁMICA MOLECULAR “ALL ATOM”

Descripción breve: Se realizará una revisión a modo general de las bases involucradas en la dinámica molecular clásica con aplicación directa en el estudio de propiedades o fenómenos en macromoléculas biológicas en escala de tiempo del orden de los ns. Por otra parte, se discutirán algunos ejemplos de estudios realizados bajo esta metodología para entender su contexto, la información que puede ser obtenida y sus limitantes. Posteriormente, se realizará un práctico en el cual se preparará un sistema biológico, se creará un archivo de configuración de dinámica molecular y se ejecutará bajo el software NAMD. Finalmente, se analizará la trayectoria de dinámica molecular extrayendo información relevante del sistema preparado.

Tutores : Matías Zúñiga Bustos y Osvaldo Yañez Osses

Matías Zúñiga es Ingeniero en Bioinformática de la Universidad de Talca y actualmente es estudiante del Doctorado en Fisicoquímica Molecular de la Universidad Andrés Bello. Su área de interés actualmente es el estudio de compuestos afines por tubulina utilizados como agentes anticancerígenos mediante herramientas de química computacional, tales como Virtual Screening, Dinámica Molecular y Cálculos de Energía Libre.

Osvaldo Yañez es Ingeniero en Bioinformática de la Universidad de Talca y actualmente es estudiante del Doctorado en Fisicoquímica Molecular de la Universidad Andrés Bello. Sus áreas de interés se centran en dinámica molecular clásica aplicada en sistemas biológicos, cálculos de mecánica cuántica aplicados en clúster atómicos, algoritmos para búsqueda de mínimos, entre otros.

Área:  Bioquímica, Biología Computacional

Nivel: Usuario Medio/Pregrado/Posgrado

Fecha: Sábado 28 de Noviembre

Requerimientos: Conocimientos de biología computacional, química, bioquímica. Programa VMD instalado y NAMD descargado (no importa el Sistema Operativo).

Lugar: Sala de computación nivel zócalo, Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción. Ciudad Universitaria.

Horario: 9:00 – 18:00

Cupos: 15

Descripción Extendida:

Este curso se enfocará de forma general en las bases que rigen la metodología de dinámica molecular aplicada en sistemas biológicos. Se hará énfasis en la forma en que se representan los sistemas moleculares como archivos de coordenadas derivados de cristalización o modelamiento por homología y cómo son simulados a través del tiempo mediante una breve descripción de las ecuaciones de movimiento de Newton. Además, se introducirán conceptos importantes como superficie de energía potencial, campo de fuerza, condiciones periódicas de borde, modelos de solvatación. Por otra parte, se revisará de forma básica la conexión directa que tiene la dinámica molecular con la mecánica estadística a través de modelos de ensamble.

Se describirán algunos ejemplos de sistemas que han sido estudiados bajo esta metodología (proteínas, canales, DNA, etc), lo cual permitirá entender la información que puede ser obtenida a través de esta y el tipo de sistemas que se pueden trabajar, así como también de las ventajas y limitaciones que tiene el uso la dinámica molecular.

Finalmente, durante el trabajo práctico se pondrá en marcha la preparación de un sistema molecular a través de herramientas computacionales específicas para dinámica molecular. Se introducirá a la utilización de herramientas de visualización (VMD), así como también de preparación de un sistema proteico (estados de protonación, solvatación, neutralización) y la parametrización de un ligando a estudiar. El sistema final será sometido a una simulación de dinámica molecular por medio del software NAMD. La trayectoria final obtenida será analizada en conjunto y se discutirá la información que puede ser extraída.

Cursos RSG-Chile en Concepción.

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Estimados compañeros,

Luego de nuestros primeros cursos en Santiago,y al observar el interés y la importante cantidad de asistentes desde la capital penquista, hemos organizado en conjunto con estudiantes de la UdeC el primer ciclo de cursos en RSG en la región.

En esta primera instancia los cursos serán dictados por profesores de diferentes casas de estudio ajenas a Concepción, pero esperamos que para el próximo año sea Concepción quien envíe sus entusiastas tutores a Santiago o Talca.

Esta primera edición esta orientada a métodos que involucran estructuras tridimensionales de macromoléculas. Sin, embargo esperamos, dependiendo el interés, expandirnos a las áreas de secuenciación masiva, redes o programación

El costo de los cursos será de $3.000 para estudiantes de pregrado, y de $5.000 para egresados y estudiantes de posgrado, con el objetivo de financiar los gastos asociados a la ejecución de esta iniciativa. La inscripción a los cursos debe realizarse a través del formulario que podrán encontrar en el siguiente Link

En esta oportunidad se realizarán los siguientes cursos 1.-INTRODUCCIÓN TEÓRICA-PRÁTICA AL DISEÑO RACIONAL DE FÁRMACOS ASISTIDO POR COMPUTADOR.
Tutor: Andreas Schueller,
Fecha: Sábado 21 de Noviembre

2.-INTRODUCCIÓN AL ESTUDIO DE MACROMOLÉCULAS BIOLÓGICAS MEDIANTE SIMULACIONES DE DINÁMICA MOLECULAR “ALL ATOM”
Tutor: Matias Zuñiga y Osvaldo Yañez
Fecha: Sábado 28 de Noviembre

3.INTRODUCCIÓN AL PLEGAMIENTO Y CAMBIO CONFORMACIONAL DE PROTEÍNAS MEDIANTE DINÁMICA MOLECULAR CON POTENCIALES SIMPLIFICADOS
Tutor: César Ramírez
Fecha: Sábado 5 de Diciembre

4.- ALINEAMIENTO ESTRUCTURAL Y EVOLUCIÓN.
Tutor: Alex Slater
Fecha: Sábado 12 de Diciembre

Introducción al plegamiento y cambio conformacional de proteínas mediante dinámica molecular con potenciales simplificados

Introducción al plegamiento y cambio conformacional de proteínas mediante dinámica molecular con potenciales simplificados

Descripción breve: Se realizará una revisión básica del uso de dinámica molecular con potenciales empíricos en proteínas para estudiar fenómenos en la escala de tiempo de ns-us, para luego concebir la introducción de aproximaciones de grano grueso y de potenciales energéticos simplificados con el fin de extender la escala de tiempo hacia los us-ms, en la cual ocurren las reacciones de plegamiento proteico, asociación proteína-proteína y cambios conformacionales asociados al desempeño biológico. Durante el trabajo práctico se realizarán dos ejercicios de preparación, ejecución y análisis de simulaciones de plegamiento proteico y cambio conformacional, utilizando el software libre GROMACS.

Tutor: Dr. César A. Ramírez-Sarmiento

César A. Ramírez-Sarmiento es Licenciado en Ciencias con mención en Biología y Doctor en Ciencias con mención en Biología Molecular, Celular y Neurociencias de la Universidad de Chile. Realizó su post-doctorado bajo el alero del Dr. Jorge Babul en la Universidad de Chile. Actualmente es investigador de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Chile.

Área: Biofísica, Bioquímica, Biología Computacional

Nivel: Usuario Medio/Pregrado/Posgrado

Fecha: Sábado 05 de Diciembre

Requerimientos: Conocimientos básicos de bioquímica, biofísica y biología computacional. Conocimientos básicos de la utilización de GROMACS es recomendada.

Lugar: Facultad de ciencias Biológicas, Universidad de Concepción. Ciudad Universitaria. 

Horario: 9:00 – 18:00

Cupos: 15

Descripción Extendida:

El curso dará una pincelada a los conceptos básicos que rigen la utilización de la dinámica molecular basada en potenciales empíricos para el estudio de la dinámica estructural de proteínas a nivel atómico. Luego, tomando estos conceptos como base, se describirá en detalle la contribución de la utilización de modelos de grano grueso, en los cuales se reduce la resolución de la descripción de biomoléculas a niveles subatómicos, y de la complementación con potenciales cuya función energética es simplificada, para extender la escala de tiempo de las reacciones exploradas a través de la dinámica molecular a la escala de us-ms.

En extendido, nos referiremos a potenciales pseudo-empíricos, cuyas funciones energéticas siguen siendo sustentadas por parámetros fisicoquímicos, y potenciales nativo-céntricos los cuales utilizan una descripción de las distancias entre átomos en la estructura nativa de una proteína para definir de manera explícita a este ensamble como el mínimo energético de la función de energía potencial. Además, discutiremos brevemente la combinación de varios mínimos energéticos y la adición de otras funciones energéticas sobre el potencial nativo-céntrico para explorar el rol de interacciones electrostáticas, hidrofóbicas y la desolvatación.

Finalmente, durante el trabajo práctico realizaremos simulaciones moleculares con modelos de grano grueso y potenciales nativo-céntricos para determinar el paisaje energético explorado durante el plegamiento del dominio SH3 de la quinasa de tirosina humana (1FMK) y el cambio conformacional realizado por la quinasa de adenilato de Escherichia coli (1AKE, 4AKE).

Introducción teórica-prática al diseño racional de fármacos asistido por computador

Descripción breve: Se realizará una introducción a los conceptos básicos y avanzados del diseño de fármacos, tales como la base química de las interacciones proteína-ligando seguido por una presentación de los distintos métodos y estrategias del diseño. La parte práctica del curso dará oportunidad de aplicar ese conocimiento teórico usando software especializado.

Tutor:  Dr. Andreas Schüller

Andreas Schüller es bioquímico de la Johann Wolfgang Goethe Universität Frankfurt, Alemania, y doctor en química de la misma universidad. Realizó sus post-doctorados en la National University of Singapore y en la Pontificia Universidad Católica de Chile. Actualmente es Profesor Asistente de la Pontificia Universidad Católica.

Área: Quimioinformática

Nivel: Usuario medio/Pregrado/Posgrado

 Fecha: 14/12/2015

Requerimientos para participar: Conocimientos fundados de bioquímica y computación.

Lugar:   Sala de computación Zocalo, piso 1.  Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Concepción. Ciudad Universitaria.

Horario: 9:30 – 18:00

Cupos: 15

Descripción extendida:

El curso dará una introducción teórica-práctica al diseño racional de fármacos asistido por modelamiento computacional. Se tiene como objetivo transmitir los conceptos básicos del diseño racional de fármacos, tales como el modo de función de un fármaco (modelo llave-cierre), las interacciones proteína−ligandos a nivel atómico, la energética de unión proteína-ligando (energía libre, entalpía, entropía) y el rol especial de agua. A continuación, técnicas y métodos importantes del diseño asistido por computadores serán presentados, incluyendo el cribado virtual (“virtual screening”), el acoplamiento molecular (“molecular docking”), el modelaje y cribado de farmacóforos y los modelos de la relación cuantitativa estructura−actividad (QSAR).
La sesión práctica dará la oportunidad de aplicar el conocimiento obtenido realizando el diseño de un fármaco, utilizando las técnicas computacionales transmitidas en la clase teórica. El práctico comenzará con una introducción de las herramientas computacionales disponibles para cumplir ciertas tareas del diseño de fármacos. Luego, los participantes del curso diseñarán un inhibidor de enzima utilizando su propia creatividad bajo la supervisión del tutor. Los resultados del diseño serán presentados al final del práctico.

Agradecimientos: Agradecemos a la empresa Chemical Computing Group (Montreal, Canadá, http://www.chemcomp.com/) por proveer licencias de enseñanza del software Molecular Operating Environment.

iCBSM (First International Conference in Bioinformatics, Simulations and Modeling)

iCBSM (First International Conference in Bioinformatics, Simulations and Modeling)

Centro de Bioinformática y Simulación Molecular (CBSM). Escuela de Ingeniería en Bioinformática, Universidad de Talca, Chile

El iCBSM 2015 intenta albergar el desarrollo de nuevas estrategias de trabajo y colaboraciónes, mientras promueve la actualización y entrenamiento de investigadores y estudiantes, principalmente en universidades Chilenas, en técnicas de química computacional y bioinformática aplicadas a sistemas biológicos o de materiales. Este evento académico además pretende promover el intercambio de ideas, estrategias y técnicas, confiando en que todas las colaboraciones nacionales e internacionales nacidas durante la conferencia serán fructíferas.

http://events.cbsm.cl/icbsm-first-international-conference-in-bioinformatics-simulations-and-modeling

Importante laboratorio multinacional, requiere contratar un Bioinformatico full time para su centro de investigación

Descripción:

Importante laboratorio multinacional, requiere contratar para su centro de investigación un Bioinformatico, quien será responsable de todas las actividades y procesos informáticos y bioinformáticos tales como: análisis, implementación, mantención, soporte y ejecución de proyectos específicos del Centro de Investigación, así como también del Sistema de Mantención y supervisión de operaciones.

Requisitos para postular:

Nivel educativo Universitario completo
Experiencia mínima Experiencia mínima de 5 años en el área de Salud, Medicina y Farmacia
Conocimientos Inglés Avanzado

Mayor Información:

Para mayor información y para realizar la postulación pueden acceder al siguiente enlace:

http://www.laborum.cl/empleos/bioinformatico-genomica-1110460618.html?id=1110460618

Biología teórica y evolución, Darwinismo y Naturalismo, genética evolutiva, modelos matemáticos y computacionales

IFICC: Convocatoria para tesis financiada con proyecto FONDECYT.

ESTUDIANTES DE:
Ingeniería en Bioinformática

TEMÁTICA:

Biología teórica y evolución, Darwinismo y Naturalismo, genética evolutiva, modelos matemáticos y computacionales.

Enviar CV:

pserrano@ificc.cl
www.ificc.cl
IFICC – Instituto de Filosofía y Ciencias de la Complejidad. Los Alerces 3024, Ñuñoa, Santiago, Chile.

PLAZO DE POSTULACIÓN
21 SEPTIEMBRE DE 2015

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