Biología teórica y evolución, Darwinismo y Naturalismo, genética evolutiva, modelos matemáticos y computacionales

IFICC: Convocatoria para tesis financiada con proyecto FONDECYT.

ESTUDIANTES DE:
Ingeniería en Bioinformática

TEMÁTICA:

Biología teórica y evolución, Darwinismo y Naturalismo, genética evolutiva, modelos matemáticos y computacionales.

Enviar CV:

pserrano@ificc.cl
www.ificc.cl
IFICC – Instituto de Filosofía y Ciencias de la Complejidad. Los Alerces 3024, Ñuñoa, Santiago, Chile.

PLAZO DE POSTULACIÓN
21 SEPTIEMBRE DE 2015

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Se busca profesional bioinformático para proyecto de microbiomas orales en niños con asma en Chile

El proyecto es colaborativo entre la George Washington University, el Children’s National Medical Center, y el CastroLab en UNAB. Al menos dos publicaciones científicas se desprenderán de este trabajo por lo cual la posición está pensada para indivuduos que deseen a futuro comenzar una carrera científica independiente.

El candidato ideal será un individuo independiente y que tenga habilidades en programación en Python, R, MySQL o similar, buen manejo del idioma inglés, y capacidad de trabajo en equipo. Será una ventaja ser capaz de trabajar en el laboratorio húmedo realizando extracciones de ácidos nucleicos, preparación de librerías para secuenciamiento, y con experiencia en Amazon EC2 cloud o similar.

Naturalmente la posición es remunerada y el sueldo será acorde con la experiencia. El sueldo base será de 600 mil pesos y podrá ser mayor de acuerdo a experiencia y desempeño. En principio, el profesional estará a prueba por tres meses después de los que será evaluado. Un profesional con el grado de licenciado o magíster en bioinformática o biología computacional es ideal aunque otros profesionales también pueden postular. Se recibirán postulaciones hasta el 5 de octubre de 2015. Para mayor información contacta al Dr. Eduardo Castro en eduardo.castro@unab.cl

Algunas publicaciones asociadas a este proyecto son:

Eduardo Castro-Nallar, PhD., Center for Bioinformatics and Integrative Biology, Universidad Andrés Bello.

República 239, 8370146, Santiago

www.castrolab.org

+56 2 2770 3520

+56 9 5644 2354

A Brief Introduction to biological networks

A Brief Introduction to biological networks

Tutor: Alberto Martin, PhD.

Contacto: ajmm@dlab.cl

Afiliaciones:Alberto

-Computational Biology Lab, Fundación Ciencia & Vida,
Chile.

-Centro Interdisciplinario de Neurociencias de Valparaíso (CINV),Universidad de Valparaíso, Chile.

Tópicos: Biological networks, network properties, network inference, network visualization.

Nivel: Introducción/Pregrado carreras afines a Bioinformática.
Requisitos: last version of Cytoscape (http://www.cytoscape.org/) installed in personal notebooks.

Máximo de alumnos: 20

Lugar: Auditorio A302, Piso 3, Fundación Ciencia & Vida. Parque Tecnológico Zañartu, Zañartu #1482, Ñuñoa.

Introducción teórica-prática al lenguaje de programación R

Introducción teórica-prática al lenguaje de programación R

Descripción: Durante este curso se realizará una breve explicación de los fundamentos de R, evidenciando cuales son las ventajas de usar este tipo de lenguajes en flujos de trabajo genómicos. Luego, nos centraremos en tipos de objetos, lectura, escritura de datos, estructuras de control, funciones, generación y ajuste de gráficos, y sfnalmente trabajaremos en la creación de un paquete en R.

Tutor: Karen Oróstica Tapia

Karen Oróstica es Ingeniero en Bioinformática de la Universidad de Talca. Realizó su tesis de pregrado en la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile. En este trabajo creó un paquete en R, llamado chromPlot, para graficar datos genómicos en contexto cromosómico. Actualmente se encuentra trabajando en modelos gráficos de causalidad utilizando redes bayesianas en R, en el Laboratorio de Genética de Sistemas y Genómica Biomédica (GENOMED) .

Área: Bioinformática

Nivel: Usuario medio/Pregrado/Postgrado

Fecha:10/10/2015

Requerimientos: Tener instalado R o Rstudio.

Lugar: Sala 3D, Center for Bioinformatics and Integrative Biology (CBIB), Universidad Andrés Bello. República #239, Santiago.

Horario: 9:00 -18:00

cupos: 10

Descripción extendida:

El curso constará de una breve introducción a R. Se hablará un poco de la historia y de como este lenguaje se ha vuelto uno de los más utilizados en flujos de trabajo genómicos. Luego, en la parte práctica se explica los tipos de objetos que existen en R, el ambiente de trabajo, estructuras de control, aplicación de funciones y paquetes provenientes de los repositorios CRAN y Bioconductor. Posteriormente, se trabajará en la generación de imágenes y cómo se pueden realizar ajustes a éstas dependiendo de las necesidades del usuario. Finalmente, se nos enfocaremos en la creación de una función que luego se empaquetará, pudiendo ser instalada en cualquier pc.

Sala Cursos RSG en la casa central PUC

Instrucciones para ubicar la Sala Zócalo 2.

 

Debido a las sugerencias otorgadas por los participantes del primer curso RSG-Chile, hemos decidido dejar una guía para localizar las salas.

En el caso de los cursos en la Pontificia Universidad Católica, las instrucciones son las siguientes:

1)Casa Central de la PUC.

El campus casa central tiene 3 entradas. La principal por la Alameda (Avda. Libertador Bernardo OHiggins 340 ), otra entrada en la esquina de portugal con marcoleta (portugal 49).  y la otra entrada (para vehículos) por lira.  Ver figura 1.

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Figura 1: Casa central en santiago centro.

 

2) Facultad de Ciencias Biológicas y edificio Edificio 210:

En casa central hay varias facultades, los cursos se dictaran en la facultad de ciencias biológicas, exactamente en el piso -1 del edificio 210. Este edificio fue recientemente construido por lo que es fácilmente reconocible debido a su arquitectura contemporánea.

La posición del edificio 210 (donde se encuentran los departamentos de genética y ecología) se encuentra esquematizado en la figura 2.

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Figura 2: Edificios de la facultad de Ciencias Biológicas.
En verde se observa el edificio 210

 

3) Piso -1 y sala Zócalo 2.

Debido a que están realizando trabajos de expansión en el edificio 210, hay por el momento 2 formas de acceder a la sala zócalo 2.

Una es por los ascensores al un costado del edificio y la otra es bajando las escaleras que dan hacia el zócalo (figura 3)

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figura 3: Escaleras hacia el zócalo en el patio de ciencias biológicas

 

Una vez en el zócalo es necesario tomar la derecha y cruzar una mampara y un pasillo que colinda con salas de estudio abiertas de alumnos. Figura 4

 

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figura 4: Pasillo que conecta el zócalo con las salas de computación.

Cruzando el pasillo, se encuentra la salida de los ascensores y también la sala conocida como zócalo 2, o sala de computadores chica.  En estos momentos la sala dice: Sala de Estudio posgrado Z05  (figura 5)

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Figura 5: Sala donde se realizan los cursos RSG-Chile en la PUC

 

Recuerden que los cursos comienzan a las 9:30.

Espero que esta guía les sirva de orientación.

 

Saludos